Nell’area di download trovate miei documenti e miei programmi che possono essere liberamente scaricati. Nella maggior parte dei casi è sufficiente fare click con il tasto sinistro del mouse sul collegamento, quindi, quando il file è stato scaricato e viene aperto nella finestra pop-up, potete salvarlo sul vostro PC utilizzando direttamente dagli strumenti di salvataggio del file che compaiono nella finestra. In alcuni casi viene richiesto subito se desiderate aprire o salvare il file: in quesi casi potete, in alternativa, effettuare il download del file facendo click con il tasto destro del mouse sul collegamento ipertestuale, e selezionando Salva oggetto con nome... per salvare il file.
 
I file .pdf richiedono Acrobat Reader (potete effettuare il download dell’ultima versione di quest’ultimo dal sito di Adobe http://www.adobe.com/it/products/reader/). I file .mdb per Access© e i file .xls per Excel© e OpenOffice.org© Calc richiedono i rispettivi programmi.
 
 
  Documenti
 
 
Dal dato di laboratorio alla conoscenza medica, è un articolo pubblicato nel giugno del 2005 su invito di KOS, la rivista dell’Ospedale S. Raffaele di Milano.
Effetti legati all’assuzione di farmaci da parte del paziente sulle analisi di laboratorio, è un file per Excel© e OpenOffice.org© Calc, che contiene una tabella con circa 5000 effetti di farmaci sulle analisi di laboratorio desunti dalla letteratura: utilizzando il filtro automatico è possibile effettuare ricerche per sistema (cioè materiale: siero, plasma, urine, eccetera), per componente (cioè analita sul quale si sospetta si sia determinato l’effetto), per farmaco. Una breve introduzione all’argomento è contenuta in un documento sugli effetti legati all’assunzione di farmaci da parte del paziente che ho redatto e che trovate sul sito.
Espressione dei risultati nel laboratorio di chimica clinica, è la brochure pubblicata nel 1989 con Giorgio De Angelis e Carlo Franzini. L’argomento era ancora una volta l’utilizzo delle unità del sistema SI nel laboratorio, del quale De Angelis e Franzini sono stati maestri di noi tutti. Dopo la parte generale, il mio contributo era rappresentato dalla parte speciale, con i nomogrammi di allineamento per la conversione delle unità di misura tradizionali in unità SI e le note a ciascuno di essi. Attenzione: il documento è di oltre 20 Mb, per cui il download potrebbe richiedere una discreta dose di pazienza.
Le reti neurali nel laboratorio clinico è un articolo del 1992, che presentava le reti neurali, e si concludeva con un “...vi sono indizi che fanno ritenere opportuno verificare la possibilità di un loro impiego nella soluzione di problemi limitati ma che hanno comunque una rilevanza pratica nel settore del laboratorio clinico...”. In effetti gli strumenti per la lettura automatizzata del sedimento delle urine per il riconoscimento degli elementi figurati impiegano un software basato sulle reti neurali.
Statistica per medici e biologi con sviluppo mediante foglio elettronico su personal-computer è il volume pubblicato con l’amico Alberto Battaglia e presentato al First International Workshop in Occupational Health organizzato dalla International Commission on Occupational Health e dal Commission of the European Communities Joint Research Centre e tenutosi a Varese il 30 e 31 ottobre 1986. Allora si parlava di McIntosh e di Multiplan: e così avevamo implementato su uno dei primi PC e su uno dei primi tabelloni elettronici i metodi statistici di base. Anche se Multiplan è scomparso, gli algoritmi presentati nel volume e la loro implementazione su Multiplan sono ancora oggi di guida per chi volesse cimentarsi facendo qualcosa di analogo sugli attuali Excel© o OpenOffice.org© Calc.  Attenzione: il documento è di oltre 20 Mb, per cui il download potrebbe richiedere una discreta dose di pazienza.
Ciascuna delle seguenti presentazione in PowerPoint© contiene una sintesi del corrispondente argomento del sito:
Complessità, probabilità e teorema di Bayes;
Teorema di Bayes e informazione diagnostica;
Teorema di Bayes e strategie diagnostiche;
Teorema di Bayes e decisioni mediche.
Tutta la parte relativa al teorema di Bayes l’ho sintetizzata nell’anno 2012 in un e-book in formato pdf:
Errori cognitivi, probabilità e decisioni mediche.
Il volumetto di introduzione alla statistica che avevo scritto nell’anno 2000 e intitolato
Un primer di biostatistica con la guida all’uso di Ministat 2.1 contiene due capitoli introduttivi, un capitolo sui concetti di base in biostatistica, un capitolo sulle tecniche di base in biostatistica, la guida completa all’uso del mio programma Ministat versione 2.1, e un capitolo conclusivo con le formule e gli algoritmi di calcolo impiegati.
 
 
  Programmi
 
 
I programmi che trovate in questa area sono:
programma per il checkout delle provette
programma di statistica Ministat versione 2.1
funzioni di potenza e carte OPS
calcoli del teorema di Bayes mediante foglio elettronico
BIblioteca di Routine MAtematico-Statistiche
test chi-quadrato mediante foglio elettronico
 
Programma per il checkout delle provette
Lister.zip contiene il programma che ho scritto per il checkout delle provette. Inizialmente era stato scritto in per il DOS©, con Clipper©, ora lo trovate trasformato, in questa versione, per Windows: richiede Office© con Access©. Dopo averlo scaricato copiatelo in una cartella denominata Lister, scompattatelo facendo doppio click sul nome del file compattato (estensione .zip), troverete tre file, “Lister.mdb”, “Lister_dati.mdb” e “errore.wav”. Per avviare il programma fate click sul file Lister.mdb.
 
Immaginate di dovere, al termine del lavoro, mettere in frigorifero le provette (ovviamente identificate con codice a barre), con una probabilità significativa di doverne riprendere qualcuna l’indomani, e di non volere perdere tempo nella ricerca della/e provetta/e. Lanciate il Lister su un PC al quale avete collegato una penna ottica (magari senza fili, costano poco più delle altre) in emulazione di tastiera. Passate le provette con la penna ottica, e le mettete in ordine nel rack, come nell’esempio, da sinistra a destra (dalla posizone 1 alla posizione 12) e dall’avanti all’indietro (dalla riga 1 alla riga 6). L’esempio si riferisce a un rack da 12 x 6 = 72 provette, ma il Lister (ovviamente) ha una funzione che consente di configurare il numero di righe e il numero di provette per riga dei vostri rack.
 
Rack
 
Il menù con cui si presenta il programma è talmente semplice e intuitivo che le spiegazioni sembrano superflue, ma alcune ve le fornisco lo stesso.
 
Lister_menu_
 
Il mattino la prima cosa da fare è accedere al menù “Funzioni di Utilità”, e lanciare la funzione “Inizializzazione archivio per creare una nuova serie”, per creare la lista delle provette del giorno, la sera l’ultima cosa da fare prima di spegnere il PC è la “Stampa lista delle provette ordinate per nosografico”, da conservare, e sulla quale accanto a ciascuno dei codici a barre che avete letto con la penna ottica durante il giono compaiono (oltre al numero progressivo della provetta) il numero del “Rack”, il numero della “Riga” e la “Posizione” nella riga  (questi dati potete anche visualizzarli, come qui di seguito vedete, ma l’indomani la lista scomparirà dal PC per lasciare posto alla nuova, quindi alla sera stampare sempre la lista).
 
Lister_lista_
 
Come o anticipato il Lister (ovviamente) ha una funzione che consente di configurare il numero di righe e il numero di provette per riga dei vostri rack, la trovate sotto le “Funzioni di Utilità” alla voce “Parametri di configurazione dell’archivio provette” che appare come qui illustrato.
 
Lister_configurazione
 
Un ultimo chiarimento. Il file errore.wav contiene l’attacco della “Toccata e fuga in Re minore BWV 565” di Johann Sebastian Bach: questa risuonerà in laboratorio quando verrà letto un codice a barre già presente in archivio, fatto che genera un allarme, in quanto NON sono ammessi codici a barre duplicati. Se lavorate in un laboratorio dove provette diverse (per esempio quella dell’esame emocromocitometrico e quella di siero) possono avere lo stesso codice a barre, dovete installare diverse versioni del Lister in differenti cartelle, una per ciascun tipo di provetta (nel nostro laboratorio i contenitori di un paziente sono serializzati, quindi  non è possibile avere codici contenitore duplicati).
 
Programma di statistica Ministat versione 2.1
Ministat_21.zip contiene l’ultima  versione del mio programma di statistica Ministat, che consente di importare i dati sia da Excel© sia da Access©. Ministat, nonostante il limite di 10 colonne/variabili per 1000 righe/osservazioni (ma se l’avevo chiamato “Mini” una ragione c’era) mantiene ancora, a distanza di anni, la sua valenza di soluzione pragmatica per avere a portata di mano, e con uno sforzo minimo, tutte le rappresentazione grafiche e le elaborazioni statistiche che servono nel laboratorio clinico. E mi permetto di aggiungere che la parte riservata all’analisi bayesiana mi piace ancora molto sia per la chiarezza grafica sia per la completezza dell’analisi tabulare dei dati (potete comunque verificare di persona confrontandolo con quello che circola in alternativa).
 
Per effettuare il download del programma Ministat 2.1 fate click con il tasto destro del mouse su Ministat quindi selezionate Salva oggetto con nome..., salvatelo dove meglio credete sul vostro PC, quindi scompattatelo facendo doppio click sul nome del file compattato (estensione .zip), e infine nella cartella Ministat 21 fate click su Setup.exe e installate il programma seguendo le istruzioni.
 
Se volete avere qualcosa di più di Ministat, e immagino anche che lo vorreste a costo zero, potete accedere dalla pagina dei link al sito di R e fare il download del software statistico R.
 
Funzioni di potenza e carte OPS
OPS.zip contiene il programma che avevo scritto pochi mesi dopo la pubblicazione di questo articolo: Westgard JO. Charts of operational process specifications ("OPSpecs charts") for assessing the precision, accuracy, and quality control needed to satisfy proficiency testing performance criteria. Clin Chem 1992;38:1226-33. Ero stato preso dall’entusiamo per la genialata di Westgard, e in quel periodo ero allenato a programmare: tanto che il programma OPS di Westgard è comparso un bel pò dopo il mio (basta controllare le date sul mio programma e il copyright di quello di Westgard per averne la prova). Tuttavia il mio programma non è stato aggiornato a Widows©, e dovete accontentarvi di una versione  DOS©. Ma il programma funziona ancora alla perfezione: gli unici problemi sono una risoluzione grafica inferiore e la impossibilità di stampare i grafici (dei quali però potete salvare le schermate). Dopo averlo scaricato copiatelo in un cartella temporanea, fate doppio click sul file OPS.zip per scompattarlo, quindi fate doppio click sul file INSTALLA.BAT per installarlo. Cercate sul disco C:: una cartella denominata ops, all’interno della quale dovete fare doppio click sul file OPS.EXE per lanciare il programma. Vi allego un breve documento nel quale trovate spiegate le funzioni di potenza e le carte OPS e trovate inoltre un esempio completo con il quale potete sia familiarizzare con i concetti sia provare a utilizzare il programma. A chi desiderasse trasferire il programma OPS in ambiente Windows© sono disposto a regalare i file sorgente del programma!
 
Calcoli del teorema di Bayes con Excel© e OpenOffice.org© Calc
BayesCalculator.xls è un file che contiene quattro fogli elettronici mediante i quali potete eseguire, utilizzando Excel© o OpenOffice.org© Calc, i calcoli delle diverse versioni del teorema Bayes che ho presentato, e cioè:
→ i calcoli effettuati a partire dai valori [di probabilità p] di sensibilità, specificità e prevalenza;
→ i calcoli effettuati a partire dal numero di casi osservati (e classificati come veri positivi, falsi positivi, veri negativi e falsi negativi);
Il tutto sia per la formulazione tradizionale del teorema, sia per la versione “soggettivista” alla De Finetti, quella che abbiamo detto essere più orientata al clinico, e basata su odds e rapporto di massima verosimiglianza (likelihood ratio o LR). Questa versione comprende il calcolo degli intervalli di confidenza, a scelta al 90%, al 95% o al 99% per le grandezze calcolate (sensibilità specificità, valore predittivo, eccetera). I fogli di lavoro sono protetti, per cui dovete sproteggerli prima di apportare eventuali modifiche.
 
BIblioteca di Routine MAtematico-Statistiche
BIRMAS_all.pdf è un pacchetto in formato pdf che contiene l’intera BIblioteca di Routine MAtematico-Statistiche che avevo pubblicato a puntate negli anni ‘80 su Biochimica Clinica. Di fatto è il complemento agli algoritmi riportati nel primer di biostatistica con la guida all’uso di Ministat 2.1,  che nella BIRMAS sono stati realizzati uno per uno in linguaggio di programmazione. Il linguaggio di programmazione è il BASIC, un linguaggio abbondantemente superato. Ma la sua sintassi ne rende facile sia la trasformazione in altri linguaggi, sia la conversione in macro (ad esempio) per Excel© e Openoffice.org© Calc: e quest’ultimo tipo di impiego può essere interessante per chi ama il fai-da-tè (con l’ulteriore vantaggio che i fogli elettronici non hanno praticamente limiti al numero di dati che è possibile elaborare). Per ottenere i file singoli dovete semplicemente copiare da BIRMAS_all.pdf il testo corrispondente ad un singolo programma, incollarlo in un editor di file di testo (per esempio il Blocco note di Windows©) quindi salvarlo (attenzione, il nome che assegnate al file deve essere al massimo di otto caratteri seguiti da un punto e da un’estensione di tre caratteri. Ad esempio per il file di testo che contiene il codice del programma per il calcolo della regressione lineare: reglin.bas oppure birmas.rli). Chi volesse può anche utilizzare direttamente il programma così salvato mediante l’interprete gwbasic. Dopo averlo scaricato copiatelo in un cartella temporanea e scompattatelo, copiate nella stessa cartella il file di testo precedentemente salvato che contiene il programma, lanciate l’interprete facendo doppio click sul file GWBASIC.EXE, nella finestra che compare digitate load”nomedelfile.estensione” (virgolette incluse!), quindi digitate run per lanciare il programma e utilizzatelo seguendo il semplice menù che compare. In alternativa allego anche l’intera biblioteca sotto forma di file di testo compattati, separati e già pronti per l’utilizzo (l’interprete è già incluso nel file con l’intera biblioteca che scaricate, dopo lo scompattamento lo trovate nella cartella Birmas insieme ai vari programmi).
 
Test chi quadrato per Excel© e OpenOffice.org© Calc
Comprende tre programmi differenti:
test chi-quadrato quando sono note le frequenze teoriche (il programma prevede fino a 5 frequenze teoriche con cui confrontare i valori osservati)
test chi-quadrato per una tabella 2 x 2 (viene effettuata la correzione di Yates per la continuità)
test chi-quadrato per tabelle di contingenza (il programma prevede un massimo di 5 righe per 5 colonne, non viene effettuata la correzione di Yates per la continuità).
 
 
********************************
 
 

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Ultimo aggiornamento: 18 giugno 2017

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Bayes
 
NOTA SUI COLLEGAMENTI
ALLE FONTI BIBLIOGRAFICHE
 
La maggior parte dei collegamenti ad articoli scientifici riportati nel sito fa riferimento a riviste online che forniscono gratuitamente l’articolo originale. In alcuni casi è necessario registrarsi sul sito per avere libero accesso agli articoli: questo accade per esempio con il BMJ. Quando i collegamenti  fanno riferimento a fonti bibliografiche a pagamento, chi non ha sottoscritto un abbonamento con la rivista potrebbe vedere comparire un messaggio del tipo “access forbidden”, ma il più delle volte vedrà comparire una pagina che consente di acquistare online l’articolo originale.
 
 

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